與原電子支付系統(tǒng)相比，新一代海關稅費電子支付系統(tǒng)實現(xiàn)海關、銀行、國庫直聯(lián)，把原有電子支付系統(tǒng)的稅款預扣指令、實扣指令合并，簡化為單一的扣稅指令，優(yōu)化了作業(yè)流程，進而提高了支付效率。企業(yè)與海關、銀行在線簽署三方電子協(xié)議后，可在國際貿(mào)易“單一窗口”“互聯(lián)網(wǎng)+海關”平臺上一站式辦理報關單申報、稅款繳納等通關手續(xù)，企業(yè)稅款扣繳成功后，海關通關系統(tǒng)自動進行放行作業(yè)，無需在海關、銀行之間“跑路”。

新一代電子支付系統(tǒng)基于電子口岸(單一窗口)平臺，供企業(yè)免費使用，無需登錄第三方支付平臺，即可一站式辦理報關單申報、繳稅等手續(xù)，操作更簡便，通關效率更高、企業(yè)成本更低。